Gitで追跡したくないファイルは.gitignoreで指定しますが、一度追跡されたファイルは.gitignoreで指定しても追跡され続けるようです。その場合は、git rm --cachedコマンドを使用してキャッシュを削除することで追跡されないようになります。
git rm --cached
git rm -r --cached .
-rをつけることでカレントディレクトリから再帰的な削除が許可されます。
-r